Final Fantasy X narra la storia di Tidus, una stella del Blitzball, che durante una partita viene spedito un millennio più avanti nel futuro da una forza misteriosa. Là incontra l'invocatrice Yuna e scopre che Spira, il suo pianeta natale, è devastato dall'entità malvagia Sin nel corso dell'ultimo millennio.

Secondo gli insegnamenti di Yevon, Sin può essere sconfitto solo da un'invocatore. Alcune creaturemistiche note come intercessori, conferiscono all'invocatore il potere di evocare spiriti estremamente potenti, gli Eoni, grazie ai quali l'invocatore può sconfiggere Sin. Ad ogni modo, neanche con il loro aiuto Sin è stato completamente distrutto ed è tornato periodicamente dopo un'epoca nota come il Bonacciale. Grazie all'aiuto dei suoi guardiani Yuna fu la prima ad interrompere questa consuetudine. Una volta sconfitto Sin, gli intercessori, gli Eoni e persino Tidus scomparvero: quest'ultimo si rivelò essere solo un frutto dell'immaginazione causato dagli intercessori. Nonostante l'evidenza Yuna non riuscì ad accettare il destino riservato al suo amato Tidus.

Negli ultimi due anni molto è cambiato su Spira. Gli insegnamenti religiosi di Yevon hanno perso il loro significato, gli automi degli Albhed non sono più banditi e molte persone hanno dovuto trovare nuovi obbiettivi per le loro esistenze. Persino i nobili invocatori come Yuna devono valutare nuovamente i loro scopi.
Paradossalmente la sconfitta finale di Sin e l'arrivo del bonacciale eterno, hanno dato vita ad un periododi scompiglio generale, scuotendo Spira sin nelle sue fondamenta.