Essendo il sistema di combattimento diverso da tutti gli altri FF, è necessaria una breve spiegazione. I campi di battaglia sono disposti "a scacchiera" e ci si muove di più caselle in base alle abilità e agli accessori equipaggiati. E' possibile far scendere in battaglia un massimo 5 personaggi. Quando si vuole attaccare compare la % di riuscita dell'attacco (che può anche essere schivato) influenzata dalla scelta di attaccare davanti, ai lati o alle spalle del nemico.
Oltre che come unico mezzo di trasporto di Ivalice, i Chocobo li possiamo trovare anche come avversari, in 3 diverse razze: gialli, rossi e neri. Ed è anche possibile averli come alleati: a volte, dopo delle battaglie in cui abbiamo affrontato anche loro, possiamo trovarci delle uova nelle nostre fila, che dopo qualche giorno si schiuderanno, ottenendo così un Chocobo combattente!! Le Pozioni e le altre medicine vanno utilizzate solo in battaglia, perchè alla fine di essa, essendo di durata maggiore rispetto agli altri FF, HP ed MP saranno ripristinati automaticamente. Le magie e le invocazioni necessitano di più tempo per essere effettuate ma il vantaggio è che coprono un raggio d'azione maggiore, colpendo più avversari.
Con ogni singolo attacco si acquisiscono EXP e JP (Job Point), questi ultimi servono ad imparare le abilità di ogni classe e per sbloccarne di altre. E' possibile rivedere tutte le sequenze parlate della storia e avere informazioni sui personaggi, nella sezione Brave Story, curata dallo storico Alazlam.