I Deep Dungeon sono dei territori oscuri che si trovano su di una isola segreta. Dirigiamoci a Warjilis Trade City: al bar parlano dei Deep Dungeon e sulla mappa si aprirà una strada su un'isola a est. Sono 10 livelli bui dove nei primi 9 bisogna mantenere un nemico vivo e addormentarlo con la magia Sleep, perchè dobbiamo spostarci su tutti i punti del luogo finchè qualcuno non trova l'uscita (ogni volta è sempre diversa). Quando un morto diventa cristallo la zona si illumina, se equipaggiamo l'abilità Move Find-Item potremmo trovare anche qualche arma rara.

I 10 livelli sono: Nogias, Terminate, Delta, Valkyries, Mlapan, Tiger, Bridge, Voyage, Horror e End. In quest'ultimo troviamo un vecchio, Elidibs, che vuole appropriarsi delle nostre Zodiac Stone. Lui ha la 13° pietra Serpentarius e la usa per trasformarsi in un Lucavi, con 6 demoni Apanda al suo fianco. Per fortuna compare anche un demone Byblos (il nome è ogni volta sempre diverso) che si schiera dalla nostra parte. Essendo l'essere più forte del gioco e trovandosi alla fine della storia, è opportuno avere tutti i personaggi al lv 99. Il miglior attacco di questo boss segreto, che possiede circa 3000 HP, è l'ultimate summon Zodiac che provoca circa 700HP di danno. Per ottenerla occorre avere un Summoner in squadra che subisca un attacco di Zodiac senza soccombere. I summoner sono tra le classi che dispongono di meno HP ed è consigliabile utilzzare Reis che ne ha più di tutti, fornendola continuamente della magia Shell per garantirle una sicura sopravvivenza
contro l'attacco magico di Zodiac. Equipaggiamo tutti con l'accessorio 108 Gems per proteggerli dai numerosi status che ci lancerà il mostro, e con gli attacchi magici delle spade di Orlandu e Agrias, Elidins sarà solo un brutto ricordo!

Con questa battaglia si ottengono ben 3 piccioni con una fava, Serpentarius, Byblos e Zodiac!!!