"A tre anni di distanza dalle vicende del primo Final Fantasy VII, la popolazione cerca di reagire e di riprendersi dal buio periodo di dominio che sta passando a causa della Shinra Corporation. Vincent Valentine si trova nella cittadina di Kalm, sta per incontrare il suo vecchio amico Cait Sith, che si nasconde con il nome di Reeve, il capo della WRO, quando improvvisamente la città viene attaccata dal violento gruppo chiamato Deepground.

Vincent si unirà al gruppo di Reeve nella battaglia contro questo gruppo armato della Shinra, combattendo anche contro il proprio passato, che man mano riaffiorerà nella sua vita, e cercherà di custodire il segreto della Protomateria anche a costo della sua vita. "