Durante i festeggiamenti per il sedicesimo compleanno della principessa Garnet di Alexandria, una banda di briganti, i Tantarus, si introducono nel castello fingendosi una compagnia teatrale, ma il loro vero scopo è rapire la bella principessa. La ragazza invece di essere felice e festeggiare come tutti, appare triste e depressa: la vita di corte gli va davvero stretta, non le è permesso fare niente che non riguardi il protocollo di corte, mentre lei vorrebbe solo vivere una vita normale. Ed è per questo che non appena capisce che sta per essere rapita, coglie l'occasione al volo e non oppone resistenza. Ma questo rapimento nasconde molto di più, infatti è stato compiuto al solo scopo di salvaguardare l'incolumità della principessa; il reggente Cid di Lindblum ha ingaggiato i Tantarus, perchè sospetta che la regina Brahne, la matrigna di Garnet, voglia farle del male.

Nel frattempo Garnet stringe amicizia con Gidan, uno dei Tantarus, il quale cerca di proteggerla da tutti i pericoli che incombono a costo della sua vita. Purtroppo i sospetti di Cid sono fondati: la regina Brahne ha deciso che vuole sottomettere l'intero mondo di Gaia, e per far ciò, si allea con il perfido Kuja, un fabbricante di armi, al quale commissiona un esercito di maghi neri da schierare nel suo folle progetto. E non è tutto, cerca di sottrarre gli Spiriti d'Invocazione dal corpo di Garnet, tramite un'incantesimo che potrebbe anche causare la morte della ragazza.

Tutti i personaggi scopriranno, durante l'evolversi del gioco, numerosi dettagli riguardanti la propria vita passata, impareranno che l'amicizia è una cosa reale e fondamentale nella vita, e che grazie ad essa si possono superare difficoltà che appaiono insormontabili. Riusciranno i nostri amici a sconfiggere Kuja e Brahne ed impedire il loro progetto di morte?