A Midgar un gruppo ribelle detto Avalanche cerca di ribellarsi alla Shinra, una corporazione che sta lentamente assorbendo l'energia vitale del pianeta. Questo processo lento, ma inarrestabile avviene attraverso i reattori, costruiti appunto dalla Shinra, che sono in grado di convertire tale energia in altrettanta utile alla comunità. Sembrerebbe un progetto a fin di bene, ma in realtà serve solo ad arricchire le tasche del presidente senza fatica, senza contare che stà causando la distruzione del pianeta.

Solo gli Ancient sono in grado di sentire i lamenti di quest'ultimo. Purtroppo questo popolo che prima viveva in perfetta armonia con il pianeta, si è estinto, e l'ultima discendente di questa stirpe viene continuamente minacciata dalla Shinra. Cloud ex soldato ed ora membro dell'Avalanche tenterà in tutti i modi di proteggere la ragazza, ma purtroppo alla fine verrà uccisa da Sephirot. Quest'ultimo ha una storia molto triste, impazzirà quando scoprirà di non essere un Ancient ma bensì il frutto di un esperimento condotto dalla Shinra stessa.

Come se non bastasse, il pianeta, per difendersi dai continui prelievi di energia vitale da parte della Shinra ha risvegliato delle creature dette Weapon, create con il solo scopo di difendere il pianeta stesso, ora stanno distruggendo tutto e tutti. Riusciranno i nostri eroi dell'Avalanche a salvare il pianeta dalla distruzione totale e da Sephirot?