La Master Materia è molto difficile da conseguire, ma vale sicuramente la pena investire del tempo per riuscire ad ottenerla. Innanzitutto però bisogna avere tutte e quattro le Huge Materia, altrimenti non potremo ottenere la Master corrispondente.

- La prima si ottiene fermando il treno impazzito diretto a North Corel;
- la seconda con la battaglia sottomarina, abbattendo il sottomarino rosso;
- la terza nella missione del razzo nello spazio, dovrai inserire la combinazione giusta di tasti che è: - - - .
- La quarta ed ultima la otterrete ispezionando con il sottomarino il relitto di quello che avete abbattuto prima, che si trova a sud.

Nota!: se fallisci nell'impossessarti di una Huge Materia, potrai riprovare caricando la partita salvata fino a quando non ci riuscirai.

Ora che hai tutte le Huge Materia potrai ottenere la Master Materia portandole tutte a Cosmo Canyon da Bunghenagen al Planetario. Perchè ciò sia possibile, dovrai aver acquisito la padronanza di tutte le Materia esistenti. Affiancando una Huge Materia con altrettanta Materia dominata (Mastered Materia ovvero il cristallo di Materia al massimo di Ap che si è diviso originando un secondo cristallo identico), otterrai che la Mastered Materia si fonderà in un' unica Master Materia. Ora potrai equipaggiare tutti gli incantesimi, comandi o evocazioni in un unica Materia, senza penalità.

Esistono quattro Master Materia che si distinguono in:

- Blue Materia: dovete avere la Bahamut e la Bahamut Neo Materia a livello master, parlate alla Blue Huge Materia per ricevere la Bahamut Zero.

- Yellow Materia: portate al livello master le Command Steal, Throw, Mime, Manipulate, Morph, Deathblow e Sense, poi parlate con la Yellow Huge Materia per ricevere la Master Command Materia.

- Red Materia: dovete avere tutte le 16 Summon Materia al livello master, quindi parlate con la Red Huge Materia per ricevere la Master Summoning Materia.

- Green Materia: portate tutte le 21 Magic Materia al livello Master, quindi parlate con la Red Huge Materia per ricevere la Master Magic Materia.