Equipaggiando le Command Materia i nostri personaggi possono utilizzare nuovi comandi. Ecco l'elenco delle Command Materia reperibili:

- Steal Materia
Descrizione: Permette di rubare oggetti ai nemici. Con il comando Mug Attacca + Ruba
Ap necessari:
Steal
Mug - 40000 AP
Master - 50000 AP
Prezzo per il Master: 84,000 gil
Effetti status: Dexterity +02
Locazione: Nelle fogne di Midgar, dopo la battaglia con Aps

- Sense Materia
Descrizione: Visualizza HP, MP, Livello e caratteristiche del nemico
Ap necessari:
Sense
Master - 40000 AP
Prezzo per il Master: 70,000 gil
Effetti status: -
Locazione: Nel parcogiochi del Settore 6, Midgar

- Enemy Skill Materia
Descrizione: Insegna le tecniche nemiche a chi l'equipaggia.
Ap necessari:
Vedi la Sezione Enemy Skill
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: -
Locazione: Al 68° piano dello Shinra HQ, Midgar

- Throw Materia
Descrizione: Lancia degli oggetti contro il nemico. Con il comando Coin, lancia dei Gil.
Ap necessari:
Throw
Coin - 45000 AP
Master - 60000 AP
Prezzo per il Master: 70,000 gil
Effetti status: Vitality +01
Locazione: La possiede Yuffie quando entra nel gruppo

- Manipulate Materia
Descrizione: Prende il controllo delle azioni del nemico
Ap necessari:
Manipulate
Master - 40000 AP
Prezzo per il Master: 70,000 gil
Effetti status: -
Locazione: La possiede Cait Sith quando entra nel gruppo

- DeathBlow Materia
Descrizione: Infligge danno critico o fallisce il colpo
Ap necessari:
Deathblow
Master - 40000 AP
Prezzo per il Master: 70,000 gil
Effetti status: Luck +01
Locazione: Nella giungla che circonda Gongaga Village, vicino ad un tronco

- Morph Materia
Descrizione: Trasforma il nemico in un oggetto
Ap necessari:
Morph
Master - 100000 AP
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: -
Locazione: Nel Tempio degli Ancient

- DoubleCut Materia
Descrizione: Due attacchi fisici con 2-x Cut, successivamente 4 attacchi fisici con 4-x Cut
Ap necessari:
2-x Cut
4-x Cut - 100000 AP
Master - 150000 AP
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: Dexterity +02
Locazione: All'interno del Genilka

- Slash All Materia
Descrizione: Lancia attacchi fisici su tutti i nemici
Ap necessari:
Slash-All
Flash - 130000 AP
Master - 150000 AP
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: -
Locazione: All'Ancient Forest, dopo aver sconfitto Shadow Beast

- Throw Materia
Descrizione: Lancia degli oggetti contro il nemico. Con il comando Coin, lancia dei Gil.
Ap necessari:
Throw
Coin - 45000 AP
Master - 60000 AP
Prezzo per il Master: 70,000 gil
Effetti status: Vitality +01
Locazione: La possiede Yuffie quando entra nel gruppo

- Mime Materia
Descrizione: Ripete l'ultima azione svolta da un personaggio
Ap necessari:
Mime
Master - 100000 AP
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: -
Locazione: Nella grotta a Sud di Wutai, vedi sezione Materia Rare.

- W-Item Materia
Descrizione: Usa due oggetti in un turno solo
Ap necessari:
W-Item
Master - 250000 AP
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: -
Locazione: Alla fine delle gallerie sotto Midgar, vedi sezione Materia Rare.

- W-Magic Materia
Descrizione: Lancia due magie in un turno solo
Ap necessari:
W-Magic
Master - 250000 AP
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: -
Locazione: All'interno del Cratere

- W-Summon Materia
Descrizione: Lancia due Summon in un turno solo
Ap necessari:
W-Summon
Master - 250000 AP
Prezzo per il Master: 1 gil
Effetti status: -
Locazione: Ottieni 64000 BP a Battle Square nel Gold Saucer