Ecco l'elenco delle missioni secondarie che potremo svolgere ad Ivalice, naturalmente non è obbligatorio portarle a termine per finire il gioco, ma è altamente consigliato farlo se vogliamo finirlo al 100%.

- Missione Secondaria 1: Il Clan Centurio

- Missione Secondaria 2: La Caccia

- Missione Secondaria 3: Il Paziente Damasco

- Missione Secondaria 4: Dove sono finiti gli eroi?

- Missione Secondaria 5: I dilemmi di Catrine

- Missione Secondaria 6: Le sorelle Capocabina

- Missione Secondaria 7: Diario di un Moogle

- Missione Secondaria 8: Il commercio di Eliolite

- Missione Secondaria 9: Gli Esper segreti

- Missione Secondaria 10: Il caso del Cactus scomparso

- Missione Secondaria 11: Delirio a Bhujerba

- Missione Secondaria 12: Il Drago Terreno

- Missione Secondaria 13: July l'informatrice

- Missione Secondaria 14: Anime Gemelle

- Missione Secondaria 15: Le medaglie di Nabudis

- Missione Secondaria 16: Olifante della Costa Phon

- Missione Secondaria 17: Qualcuno fermi il Cokatoris!

- Missione Secondaria 18: Tutti a pesca!

- Missione Secondaria 19: Le Olimpiadi dei pirati

- Missione Secondaria 20: Lo studioso dei dragoni

- Missione Secondaria 21: Omega Mark XII