L'avventura di Kingdom Hearts ha inizio sull'Isola del Destino, un piccolo e pacifico isolotto in cui vivono i tre amici Sora, Riku e Kairi. Spinti dal desiderio d'avventura, hanno un progetto: lasciare l'isola e visitare il resto dl mondo. Ma proprio mentre si apprestano a partire, l'oscurità si abbatte sulla loro isola e i tre amici sono costretti a separarsi. Sora si risveglia in un luogo sconosciuto, la Città di Mezzo, ed è lì che incontra i suoi futuri compagni di avventura, Pippo e Paperino, mandati dal Re Topolino in cerca della "chiave". Sora riceve il Keyblade, una mistica arma, che ha anche la funzione di sigillare tutte le serrature dei Mondi e proteggerli così dall'oscurità. Ma essa ha mire molto più grandi: il suo scopo è di impadronirsi del cuore di tutti i mondi, la sorgente di luce: Kingdom Hearts.

Sette principesse dal cuore puro, hanno un ruolo fondmentale in questa storia, si tratta di Alice, Belle, Cenerentola, Biancaneve, la Bella Addormentata, Jasmine ed infine Kairi. Per poter trarre in salvo la sua amica, Sora sarà persino costretto a combattere contro Riku, unitosi ai nemici per effetto di un maleficio artefatto dalla Strega Malefica, a sua volta manipolata dal perfido studioso Anselm. Sora ed Anselm si affrontano alla "Fine del mondo", la porta verso le tenebre viene poi sigillata dal Re Topolino, che rimane bloccato insieme a Riku; Sora si ristrova così di nuovo separato dai suoi amici.. e la sua ricerca ricomincia...!